Ao se adquirir um medicamento manipulado, deve-se conferir o nome do paciente, nome do médico prescritor, se a fórmula está de acordo com a receita médica, se a cápsula está em uma só dose ou se necessitou ser divida em mais cápsulas e a maneira de tomar o medicamento (posologia). A maioria dos medicamentos deve ser conservado em local fresco e seco.

Ao se adquirir um medicamento manipulado, o paciente estará recebendo um medicamento de altíssima qualidade e personalizado, que poderá ter sua dose ajustada de acordo com a sua necessidade. Poderão ser associados mais de um medicamento no caso de pessoas que necessitam de muitas medicações.

Os medicamentos sujeitos ao controle especial somente poderão ser manipulados com a receita no balcão da farmácia. As receitas devem ser preenchidas com nome, endereço, número da carteira de identidade, telefone do paciente ou do portador da receita. Não podem conter rasuras, deverão ter a identificação do médico, assinatura e carimbo. Somente poderá ser feita a manipulação para no máximo 60 dias de tratamento e têm validade de 30 dias.

As farmácias de manipulação somente poderão manipular hormônios, antibióticos e citostáticos, se estiverem totalmente adequadas à portaria 67 (ANVISA) que estabelece regras de boas práticas de manipulação destas categorias de medicamentos e adequação ao espaço físico (salas dedicadas exclusivamente para a manipulação destes medicamentos).

Para se manipular um medicamento, são realizados estudos sobre o medicamento, sua atuação no organismo, estabilidade, velocidade de liberação, local a ser liberado e o melhor veículo a ser utilizado. As pesagens dos medicamentos são monitoradas em balanças de altíssima precisão. Todas as medicações são submetidas a controle durante o processo e as matérias primas são submetidas a controle de qualidade.